发酵停滞是指可发酵糖还剩余较多时发酵提前终止。正常的干酒发酵终止时可发酵糖残留量很少，通常≤4g/L，更好的状态是在2g/L以下。一直以来，发酵停止或停滞都是一个难题。过去，发酵停滞往往是发酵过程中温度过高引起的，在制冷不够充分的情况下，葡萄采摘和发酵在很热的条件下进行，往往会导致过热而引起发酵停滞。残糖过高会使得这些葡萄酒对微生物败坏特别敏感，如果葡萄低酸、高PH值，这种不稳定会愈发明显。

　　温控的广泛应用已经基本上解决了过热导致的发酵停滞问题，但在发酵过程中，冷却的应用却促进了另外一种发酵停滞的发生——酿酒师为了得到更新鲜，更多果味的白葡萄酒而鼓励使用更低的发酵温度，但这会抑制酵母的生长，也会增加杂菌污染的机会。为了增加新鲜果味，也有一些酿酒师对汁子进行过度澄清，比如用皂土下胶、离心或者其他方式，导致甾醇、不饱和脂肪酸和氮源的损失，也使得酵母对乙醇和羧酸的结合毒性更加敏感。这些羧酸，特别是辛酸和癸酸以及它们的酯，能够加强酒精引起的氨基酸和其他营养物质的流失，辛酸会引起细胞内PH值降低，从而导致酶和膜的功能紊乱。在破碎、压榨和其他发酵前的操作中，若是小心翼翼地隔氧就会加重这些影响，因为在甾醇和长链不饱和脂肪酸的生物合成中，必须要有分子态的氧参与，而这两种物质对细胞膜的合成和功能行使又是至关重要的。

　　做晚熟甜酒的酿酒师应当注意，过熟葡萄或者贵腐葡萄汁子通常糖含量很高，高糖度的渗透压会使酵母细胞部分质壁分离，这样会带来缓慢的或者不完全的发酵。另外，过熟的葡萄通常葡萄糖—果糖比例较低，这也可能导致发酵停滞，此时我们可以通过添加葡萄糖来重建两者的典型比例。贵腐葡萄汁子中的可利用氮源和硫胺素浓度变低也能引起发酵停滞。野生酵母的生长繁殖能够进一步消耗硫胺素的含量，从而抑制接种的酿酒酵母的活动。氮源缺失能够增加高糖含量、乙醇毒性以及C8、C10饱和羧酸带来的结合抑制作用。另外，灰霉菌合成的多糖也能够抑制酵母的代谢。通常，醋酸菌在贵腐葡萄上的活动足够使酵母的活动变得更困难，酵母吸收醋酸菌产生的乙酸能够酸化酵母细胞质，使得PH值从通常的7.2降到低于6，这会破坏蛋白质的功能，特别是糖酵解代谢中的烯醇酶，如果汁子中存在10^5~10^6个/mL的醋酸菌，对于酿酒酵母来说是致命的。

　　如果汁子的PH值足够高，或者汁子未被二氧化硫充分保护，野生乳酸菌就会产生足够的乙酸来阻止或抑制发酵。已被确认的最典型的是Kunkeei乳酸菌，如果存在Kunkeei乳酸菌，在发酵前减少二氧化硫的使用量会导致发酵停滞的机率大大增加，而调硫是目前已知的最典型的控制这种少见的败坏细菌的方法。

　　限制发酵前的澄清（限制营养损失）、在对数生长期的末期进行有限的通风（≈5mg氧气/L）、添加麦角固醇或者长链的不饱和脂肪酸、添加酵母菌皮或者其他吸附性物质比如皂土、逐步添加或者在发酵中期添加铵盐等，这些都会减少发酵停滞的发生机率。在酵母的对数生长期的中期或接近末期的阶段添加吸附性物质，比如酵母菌皮，会显现理想的效果，它也能够提供甾醇和长链不饱和脂肪酸的附加效果。

　　发酵停滞发生时，通常需要另外接种特种商业酵母来再次启动，在这之前需将原酒从沉降的酒泥上倒罐。接种的酵母通常具有高酒精耐受性及消耗果糖的能力，要想成功地获得再次发酵通常需要添加氮源、酵母菌皮，开放式循环以及调整发酵温度。